Эндоскопические исследования проводятся с 1965 года. По мере приобретения эндоскопического оборудования расширялся диапазон диагностических и лечебных манипуляций. Эндоскопическое отделение образовано в 1979 году. В нем успешно выполняется свыше 15 диагностических и лечебных методик: удаление доброкачественных новообразований, инородных тел из желудочно-кишечного тракта и видимых бронхов, эндоскопический гемостаз при язвенной болезни и другое. Число исследований достигло 8000 в год.